Lembaga Dakwah Islam Indonesia (LDII) pertama kali berdiri pada 3 Januari 1972 di Surabaya dengan nama Lembaga Karyawan Indonesia (Lemkari) dengan akta pendirian yang dibuat di hadapan Mujiomo, notaris di Surabaya, Jawa Timur dengan Jetua Umum Drs. Bachroni Hartanto dan sekretaris Wijono, BA. Dalam perkembangannya Lembaga Karyawan Islam (LEMKARI) telah melaksanakan beberapa kegiatan Musyawarah Besar (MUBES) dan Rapat Pimpinan (RAPIM). Mubes I Lembaga Karyawan Indonesia (LEMKARI) dilaksanakan pada tanggal 9 s.d. 10 Februari 1975 yang menghasilkan Ketua Umum H.R. Edy Masiadi dengan sekretaris umum H.M. Noerali. Musyawarah Besar II dilaksanakan di Jakarta pada tanggal 9 Februari 1981. Pada Mubes kedua ini nama Lembaga Karyawan Indonesia diganti menjadi Lembaga Karaywan Dakwah Indonesia (LEMKARI). Pada mubes kedua ini H.R. Edy Masiadi tetap sebagai Ketua Umum, tetapi sekretaris umumnya diganti oleh H. Syamsudin Zahar, S.E.
Musyawarah Besar Lemkari yang ketiga diadakan di Jakarta pada tanggal 2 s.d. 4 Mei 1986. Di dalam mubes kali ini Lemkari mengadakan penyesuaian terhadap Undang-undang Nomor 8 Tahun 1985 yang menerima Pancasila sebagai azas tunggal dan trepilih sebagai Ketua Umum Drs. H. Ahmad Suarno dan Sekretrais Jenderal H. Syamsudin Zahar, SE. Pada tanggal 19 s.d. 20 November 1990 Lemkari mengadakan Mubes IV di Jakarta. Dalam mubes ini nama Lembaga Karyawan Dakwah Islam Indonesia (Lemkari) diubah menjadi Lembaga Dakwah Islam Indonesia (LDII). Perubahan ini atas dasar Pidato Pengarahan Bapak Sudarmono, SH. selaku Wakil Presiden dan Bapak Jenderal Rudini sebagai Mendagri waktu itu, serta masukan pada sidang-sidang komisi maupun sidang Paripurna. Perubahan nama tersebut ditetapkan dalam keputusan, MUBES IV LEMKARI No. VI/MUBES-IV/ LEMKARI/1990, Pasal 3, yaitu mengubah nama organisasi dari Lembaga Karyawan Dakwah Islam yang disingkat LEMKARI yang sama dengan akronim LEMKARI (Lembaga Karate-Do Indonesia), diubah menjadi Lembaga Dakwah Islam Indonesia, yang disingkat LDII. Pada mubes ini ditetapkan pula K.H. Hartono Slamet sebagai Ketua Umum Dewan Pimpinan Pusat (DPP) LDII dan H. Syamsudin Zahar, S.E.sebagai Sekretaris Jenderal.
Musyawarah Besar (Mubes) V Lembaga Dakwah Islam Indonesia (LDII) diadakan pada tanggal 24 Oktober 1998 di Jakarta. Pada mubes ini terpilih Prof. Dr. Ir. K.H. Abdullah Syam, M.Sc. sebagai Ketua Umum dan H.R. Sunaryo sebagai Sekretaris Jenderal. Musyawrah berikutnya diadakan pada tanggal 11 s.d. 13 Mei 2005 di Jakarta. Prof. Dr. K.H. Abdullah Syam, M.Sc. ditetapkan tetap sebagai Ketua Umum, tetapi sekretrais Jenderal diganti oleh H.M. Sirot, S.H.